南谯区政协的前身是滁县政协和县级滁州市政协。1955年4月，中国人民政治协商会议滁县委员会成立，1966年“文化大革命”开始后政协工作中断。1980年11月开始筹备，1981年4月正式恢复滁县政协，1983年12月滁县政协改为滁州市（县级）政协。1992年12月20日，经国务院批准撤地建市，撤原滁州市，分设南谯、琅琊两区。1993年1月18日正式建区，同年4月，召开南谯区第一次政协委员会会议，正式选举产生第一届区政协，共有委员130名，选举产生常委会组成人员26人。从初建到现在的28年，已历经一、二、三、四、五、六、七届政协委员会。政协第七届委员会现有政协委员155名，选举产生政协常委会组成人员28名，设立提案委员会、经济委员会、农业和农村委员会、人口资源环境委员会、教科卫体委员会、社会和法制委员会、民族宗教和港澳台侨委员会、文化文史和学习委员会等8个工作机构和区政协办公室，在全区11个镇街设立了政协联络组。